How to parse MiRProf Results.

 MiRProf Results contains may unused information which might affect the effective analysis.

Here shows how to parse the MiRProf exported .csv files.

First get all the names of micro RNA from the file:

grep - All-Expression-hg19-MirBase.csv > mir.txt

 The get the corresponding Total number of reads:

grep Total All-Expression-hg19-MirBase.csv > Allnumber.txt

Then combine the two files on excel, then you are done.

Convert all fastq files in folder to fasta

for fq in *; do fn=$(echo $fq|sed s'/.fq//'); echo $fn;awk 'NR % 4 == 1 {print ">" $0 } NR % 4 == 2 {print $0}' $fq > ../MergedFasta/$fn.fa; done;

Merge two Replicates into one

for fq in 890/*; do fn=$( echo $fq | sed 's/_R1_001.fastq//'| sed 's/_R2_001.fastq//'); echo $fn; cat $fq >>$fn.fq; done;

IntPath is one of the most viewed bmc system biology.

Just found that IntPath is one of the most viewed bmc system biology.
http://www.biomedcentral.com/1752-0509/6/S2/S2

How to release the /boot space.

If you've a lot unused kernels. Remove all but the last kernels with:

sudo apt-get purge linux-image-{3.0.0-12,2.6.3{1-21,2-25,8-{1[012],8}}}

This is shorthand for:

sudo apt-get purge linux-image-3.0.0-12 

linux-image-2.6.31-21 linux-image-2.6.32-25 

linux-image-2.6.38-10 linux-image-2.6.38-11 

linux-image-2.6.38-12 linux-image-2.6.38-8

Install the Nvidia GPU drivers using command lines.

I have a brand new PowerEdge T620 and I need to install the Nvidia GPU drivers, I currently can only have command line access of this machine.

How to install the Nvidia GPU drivers using command lines.

In the command line window.

Install kernel headers:

sudo apt-get install linux-headers-generic

Install the nvidia drivers from a PPA :

sudo apt-add-repository ppa:ubuntu-x-swat/x-updates
sudo apt-get update
sudo apt-get install nvidia-current nvidia-settings

Done!

为了老婆，我要好好奋斗。

结婚快两个月了，想想真的好幸福。老婆为了嫁给我，放弃了好多，坚持了好多，她是在这个世界上最单纯，最美丽，最可爱的女人。

我好爱老婆，我好感激她。

我要为他好好奋斗，用自己的行动告诉她，把一辈子托付给我是她这辈子最最正确的决定。

为了老婆，我要好好奋斗，全力以赴，实现梦想！

Never Purchase a Dell Server

I purchased a Dell PowerEdge T620 Server, it comes directly with a defected motherbroad, and then Dell apologize but will only willing to replace the defected motherbroad with a refurbished motherbroad. And when we waiting for my engineer to come to replace the montherbroad, they promise to come on July 9th, then they called me on July 10th, saying they will come. Then didn't show up. On the morning of July 11th, the engineering supposed to come for on-site service told me he can't come today, and he may come on July 14th.

Dr. Zhou's paper has been rated as highly accessed.

Dr. Zhou's paper has been rated as highly accessed. 

Please access the paper at, http://www.biologydirect.com/content/9/1/5

四川各大医院向海外招聘

四川省省委将联合四川各大医院向海外招聘如下人才：

1、四川省人民医院：拟引进人才岗位为肿瘤中心主任，博士学历，国外从事肿瘤临床工作5年以上； 

2、四川省肿瘤医院需要引进临床医生5人，博士学历，3年以上海外工作经验； 

3、中国医学科学院输血研究所需要生命科学领域人才1名，博士学历，长期在海外从事相关工作。 

4、华西医院：原则上引进人才的学术水平、临床业务水平需超过、达到或接近该院相关学科的最高水平，以个人发表的第一署名作者或通讯作者论文为科技资质评估依据。分为科研型人才、临床-科研两栖型人才、临床型人才。

5、四川省肿瘤医院：临床医生5人，以临床医学、影像（超声）、病理学为佳，要求副主任医师以上，博士学位，海外工作3-5年以上。

6、中国医学科学院输血研究所：首席专家，要求副教授以上，博士学位，长期从事血液相关蛋白质基础理论及应用基础研究，具有较高学术造诣。

薪资待遇可以此如下人才类别为参考，也可面议。

学科带头人：须达到国家自然科学基金委员会杰出青年科学基金获得者条件，或海外知名大学有发展潜力的副教授，科研启动经费200-500万，安家补贴80-100万；提供100平方米的实验室，配备研究助手或技术人员，年薪（税前）平均60万。提供周转房一套（三房一厅）3-5年。     

学术带头人：需具有重要学术成就、已在国内外知名大学任职的有发展潜力的学者，科研启动经费60-120万，安家补贴不超过80万；按照所聘职务发放薪酬。提供周转房3-5年。     

优秀青年人才：需为具有发展潜力的青年学者，科研启动经费10-30万，安家补贴不超过15万。按照所聘职务发放薪酬。提供周转房3-5年。

上述医院会在8月底、9月处来波士顿举办现场招聘以及实质接洽，CSSA-HMS将负责全程的接洽和安排。